办理的具体流程：首先到工商局办理营业执照，注册为企业，可以是法人企业、非法人企业、个人独资企业、合伙制企业等，个体工商户不可以办理备案凭证。然后到质监局办理组织机构代码证。最后到国家食品药品监督管理总局网站用组织机构代码注册一个帐号，网上申报。网上申报《医疗器械备案申请表》需要提交的电子材料。
二、除了以上需要注意，我们办理医疗器械资质也不可忽视以下几点：
1、注意资质申报等级
资质代理机构帮助企业首次申请资质。一般情况下，其资质等级应按最低标准申请。
2、证书丢失及时补办
医疗器械经营企业的资质证书丢失了，应当及时补办，否则容易给医疗器械经营企业造成损失。补办的话，需准备补办资质证书申请书、以及公司不报资质所需的一些相关资料。
经营第二类医疗器械不需要办理三类医疗器械经营许可证，只需要办理备案凭证即可。
